- labradorica, Nonionellina
- Lacertilia亜目
- laciniata, Ulmus
- lackschewitziana, Salix
- lacrymalis, Cynarina
- lactuca japonica, Pectinia
- lactuca japonica, Tridacophyllia
- lactuca, Pectinia
- lacustris, Coscinodiscus
- Ladinocampe japonica
- Laevicardium属
- Laevicardium angustum
- Laevicardium shiobarense
- Laevicardium (Trachycardium) angustum
- Laevicardium yoshidense
- Laevicaudata目
- Laevichlamys cuneata
- Laevidentalium属
- laevigata, Styrax
- Laeviscala亜属
- laevis, Lagena
- laevis, Pourthiaea villosa
- laevis, Reussoolina
- Laganidae科
- Lagena属
- Lagena alticostata
- Lagena laevis
- Lagena striata
- Lagenonodosaria fukushimaensis
- lamarckii, Meretrix
- Lamna属
- Lampadena nanae
- lampas, Charonia
- Lamprey
- Lamprotula属
- Lamp shell
- lamyi, Wallucina
- Lanceolaria属
- lanceolata, Achnanthes
- lanceolata, Beedeina
- lanceolata, Cymbella
- lanceolata, Frustulia
- lanceolata, Taeniopteris
- lanceolata, Tanakia
- lanceolatum, Achnanthidium lanceolatum
- lanceolatum, Cinnamomum
- lanceolatum f. lanceolatum, Achnanthidium
- lanceolatus, Podozamites
- langsdorfii, Sequoia
- Lanternfish
- lanuginosa, Fraxinus
- lanuginosa f. serrata, Fraxinus
- Laperousecythere属
- Laperousecythere sendaiensis
- laperousii, Serripes
- lapponica, Fragilaria
- lapponica, Staurosirella
- Laqueus属
- Laqueus rubellus
- Larch
- larga, Gifuelloides
- Large Japanese field mouse
- Large star coral
- Larix属
- Larix gmelinii
- Larix gmelinii subsp. japonica
- Larix kaempferi
- Larix leptolepis
- Lasius属
- lata, Theora
- latecostata, Taeniopteris
- lateralis, Echinauris
- Laternula属
- latibracteata, Picea
- latior, Populus
- Latiproetus biloba
- Latirulus属
- Latomeandra属
- Latomeandra somaensis
- Latona cuneata
- latreillei, Macrophthalmus
- latreillei, Venitus
- Latticed top shell
- latus, Acanthopagrus
- laudabilis, Yoldia
- Lauraceae科
- Laurel
- Laurus属
- lauta, Sinanodonta
- laxata, Cyclocardia
- laxiflora, Carpinus
- Laxtorum jurassicum
- Leaf beetle
- Leda属
- Leda sadoensis
- Legume
- lenticularis, Orbitolina
- Lenticulina属
- Lenticulina nikobarensis
- Lenticulina rotulata
- Leochlamys tanassevitschi
- Leopard
- Leperditia japonica
- Lapidobalanopsis亜属
- Lepidocyclina属
- Lepidocyclina japonica
- Lepidocyclina (Nephrolepidina)亜属
- Lepidocyclina (Nephrolepidina) japonica
- Lepidocyclina (Nephrolepidina) nipponica
- Lepidocyclina nipponica
- Lepidocyclina scabra
- Lepidodendron属
- Lepidodesma属
- Lepidolina属
- Lepidolina multiseptata
- Lepidolina multiseptata shiraiwensis
- Lepidolina shiraiwensis
- Lepidopleurus属
- Lepidopleurus morozakiensis
- Lepidopsetta mochigarei
- Lepidozona属
- lepidula, Siphonodosaria
- lepidula, Stilostomella
- Leporidae科
- Leporimetis takaii
- Leptastrea purpurea
- Leptobison hanaizumiensis
- Leptochondria属
- Leptodesma属
- Leptodus属
- Leptodus richthofeni
- leptolepis, Larix
- Leptophloeum rhombicum
- Leptoseris minikoiensis
- Leptoseris mycetoseroides
- Leptothyra amussitata
- Lepus属
- Lepus brachyurus subsp. angustidens
- Lesser clubmoss
- Lesser Japanese mole
- lessonii, Amphistegina
- Lesticus属
- Lestidae科
- Letepsammia japonica
- Letepsammia superstes
- Lethenteron属
- leucogenys, Petaurista
- leucomystax, Sus scrofa
- Leucosia属
- Leucosiidae科
- leucostoma, Buccinum
- Leucosyrinx yonegafukuroensis
- Leucotina属
- Leucotina casta
- Leucotina dianae
- Leucotina gigantea
- leucurus kuzuüensis, Meles
- Leukoma属
- Leukoma euglypta
- Leukoma itoigawae
- Leukoma jedoensis
- Leukoma tateiwai
- leveilleana, Prunus
- Libellulidae科
- Libocedrus notoensis
- Liebea sinensis
- ligniatum, Acer rubrum
- Ligustrum属
- Ligustrum tschonoskii
- Liliaceae科
- Lima属
- Lima (Acesta)属
- lima, Barbatia
- Limacina属
- Lima fujitai
- Lima goliath
- Lima konnoi
- Lima naumanni
- Limanda属
- Limaria hakodatensis
- Lima sameshimai
- Lima sowerbyi
- Limatula属
- Limatula vladivostokensis
- Lima vulgaris
- Lima yagenensis
- Lima zushiensis
- Limidae科
- Limonia quadrimaculata
- Limonia (Metalimnobia) quadrimaculata
- Limoniidae科
- Limoniid crane fly
- Limopsis属
- Limopsis adamsiana
- Limopsis azumana
- Limopsis osawanoensis
- Limopsis tajimae
- Limopsis tokaiensis
- Limopsis tokaiensis elongata
- Limopsis uwadokoi
- limpida, Odostomia
- Lindera membranacea
- Lindera obtusiloba
- Lindera praecox
- Lindera protopraecox
- Lindera umbellata
- Lindera umbellata var. membranaceae
- lindleyana, Baiera
- linearis, Diatoma vulgare
- linearis, Diatoma vulgaris
- linearis, Pinnularia gibba
- lineatus, Apogon
- lineatus, Coscinodiscus
- lineolatus, Pitar
- Linguaphillipsia subconica
- Lingula属
- Lingula anatina
- Lingula ungius
- Lingulidae科
- Linoproductus属
- Linthia属
- Linthia nipponica
- Linthia tokunagai
- Linuparus属
- Linuparus japonicus
- Liocyma属
- Liocyma fluctuosa
- Liocyma fluctuosum
- Liocyma furtiva
- Liocyma minuta
- Liomesus属
- Liquidambar属
- Liquidambar formosana
- Liquidambar formosana cordata
- Liquidambar miosinica
- Liquidambar yabei
- Lirabuccinum fuscolabiatum
- Liracassis属
- Liralucina plicatula
- liratum, Neotrapezium
- Liriodendron属
- Liriodendron honsyuensis
- Lischkeia属
- Lischkeia crumpii
- lischkei, Anomia
- lischkei, Megayoldia
- lischkei, Mitrella
- lischkei, Nitidotellina
- lischkei, Portlandia
- lischkei, Yoldia
- Lissotesta sobrina
- Lithacoceras属
- Lithophaga属
- Lithophyllon elegans
- Lithophyllon mushroom hard coral
- Lithophyllon undulatum
- Lithophyllum属
- Lithophyllum nishiwadai
- Lithophyllum oborensis
- Lithostrobus属
- Lithostrotionella属
- Lithothamnium属
- Litseaphyllum属
- Little Japanese horseshoe bat
- Littoraria (Littorinopsis) miodelicatula
- Littoraria miodelicatula
- Littorina sitkana
- Littorinopsis miodelicatula
- livescens, Nassarius
- livescens, Niotha
- Lizard
- lobata, Podabacia elegans
- lobata forma vanderhorsti, Podabacia elegans
- lobatulus, Cibicides
- lobatulus, Cibicidoides
- lobatus, Zalophus
- lobatus, Zalophus californianus
- Lobed brain coral
- Lobophyllia属
- Lobophyllia japonica
- Lobophyllia robusta
- Longhorn beetle
- longifolia, Archaeozostera
- longifolia, Ulmus
- longifolium, Pityophyllum
- longifolium, Trochodendron aralioides
- longinux, Quercus
- Lonsdaleia属
- Lonsdaleoides属
- Lonsdaleoides toriyamai
- Lopha属
- Lopha diluvianum
- Lophiotoma属
- Lophocarinophyllum属
- Lophophaena属
- Lophophyllidium属
- lophos, Calappa
- lubrica, Cadella
- lubrica, Theora
- Lucanidae科
- lucida, Spiroloculina
- Lucina acutilineata
- Lucina k-hataii
- Lucinidae科
- Lucinoma属
- Lucinoma actilineata
- Lucinoma acutilineata
- Lucinoma acutilineatum
- Lucinoma annulata
- Lucinoma columbiana
- Lucinoma concentricum
- Lucinoma hannibali
- Lucinoma katayosensis
- Lucinoma mochizukii
- Lucinoma otukai
- Lucinoma spectabilis
- Lucinoma tomitensis
- luehdorfi, Bathytoma
- luhdorfi, Micantapex
- Lunatia属
- Lunatia pila ovata
- lunatus, Repomucenus
- Lunella属
- Lunella coronata correensis
- Lunella correensis
- Lunella granulata
- Lunella kurodai
- lunulata, Cyclina
- lupus, Canis
- lupus subsp. hodophilax, Canis
- lusoria, Meretrix
- luteostoma, Tonna
- lutosa, Babylonia
- Lutraria maxima
- Lutraria nenokamiensis
- Lutraria sieboldii
- luxuriosa, Acalolepta
- Luzula plumosa