- Babylonia属
- Babylonia elata
- Babylonia japonica
- Babylonia kozaiensis
- Babylonia lutosa
- bacchus, Nipponites
- Bacillariophyceae網
- bacillum, Navicula
- bacula, Potamides
- bacula, Vicaryella
- Baculites属
- Baculites inornatus
- baculoide, Sciponoceras
- baculoides, Favosites
- Badger
- Baetis属
- bagualensis, Camerina
- baguelensis, Nummulites
- Baiera属
- Baiera lindleyana
- Bakevellia属
- Bakevellia haradae
- Bakevellia nagatoensis
- Bakevellia (Neobakevellia) shinanoensis
- Bakevellia (Neobakevellia) trigona
- Bakevellia shinanoensis
- Bakevellia trigona
- Bakevelloides (Yoshimopsis) nagatoensis
- bakko, Salix
- Balaenoptera属
- Balaenoptera acutorostrata
- Balaenoptera borealis
- Balaenopteridae科
- Balaenura属
- Balanomorpha亜目
- Balanophyllia (Eupsammia) imperialis
- Balanophyllia imperialis
- balantium, Clio
- balantium, Euclio
- Balanus属
- Balanus tintinnabulum rosa
- Bald cypress
- Baleen whale
- balsamoides, Populus
- balticus, Cataoceramus
- balticus, Inoceramus
- Bamboo
- Bamboo-leaf oak
- Bambusoideae亜科
- barbarense, Elphidium fax
- Barbatia属
- Barbatia bistrigata
- Barbatia foliata
- Barbatia kubara
- Barbatia lima
- Barbatia minoensis
- Barbatia stearnsii
- Barbatia virescens
- barbinervis, Clethra
- barleeanus, Melonis
- Barnacle
- Barnea属
- Barnea (Anchomasa) manilensis inornata
- Barnea dilatata
- Barnea japonica
- Barnea manilensis
- Barnea manilensis inornata
- Barnea (Umitakea) japonica
- Barrel-bubble snail
- Baryspira albocallosa okawai
- Basidiomycota門
- Basilissa (Orectospira) nenokamiensis
- basiobliguum, Alangium
- Basket cockle
- Basterotia gouldi
- Bathrotomaria属
- Bathrotomaria yokoyamai
- Bathybembix argenteonitens
- Bathybembix argenteonitens convexiusculus
- Bathygobius属
- Bathynomus属
- bathyrhaphe, Granuliterebra
- Bathytoma luehdorfi
- Bathytormus foveolatus
- Batillaria属
- Batillaria attramentaria
- Batillaria cumingii
- Batillaria mizunamiensis
- Batillaria multiformis
- Batillaria toshioi
- Batillaria zonalis
- Batillus属
- Batoid
- Batoidea上目
- Batostomella属
- Beaked hickory
- Bear
- Bearded croaker
- beccarii, Ammonia
- beccarii, Rotalia
- Bedeva属
- Beech
- Beedeina属
- Beedeina fujimotoi
- Beedeina lanceolata
- Beetle
- Behemotops属
- Belemnite
- Belemnoid
- Belemnoidea目
- Bellamya kosasana
- Bellamya suzukii
- Bellerophon属
- Bellerophon jonesianus
- Belleza decora
- bellula, Plicarcularia
- bellulus, Nassarius
- bengalensis subsp. chinensis, Prionailurus
- Bennettitales目
- Benthamidia亜属
- Benthamidia japonica
- Bent-winged bat
- Benzoin membranaceum
- Berberis amurensis
- Berberis amurensis var. japonica
- berchemiaefolia, Berchemiella
- Berchemia miofloribunda
- Berchemia racemosa
- Berchemiella berchemiaefolia
- Berchemiella berchemiifolia
- berchemiifolia, Berchemiella
- Bering sea cockle
- bernardi, Oxyperas
- Bernard's venus
- Berriasella属
- besshoense, Aelga
- besshoense, Periploma
- bessonowi, Helicoprion
- Betula属
- Betulaceae科
- Betula adstigmata
- Betula costata
- Betula dahurica
- Betula davurica
- Betula ermanii
- Betula grossa
- Betula hommashinichii
- Betula maximowicziana
- Betula miomaximowicziana
- Betula nathorsti
- Betula nikoensis
- Betula nipponica
- Betula onbaraensis
- Betula platyphylla
- Betula protoermanii
- Betula protoglobispica
- Betula sadoensis
- Betula schmidtii
- Betula sekiensis
- Betula uzenensis
- Bevahites属
- bialata, Pegophysema
- Bibionidae科
- Bibio sadoensis
- bicarinata, Trichotropis
- bicincta, Mitrella
- bicolor, Picea
- biconcavus, Spongodiscus
- biconica, Fusulinella
- biconica, Siphonalia declivis
- Biddulphia tridentata f. tridentata
- Biddulphia tuomeyi var. tridentata
- bifrons, Rectobolivina
- bifrons ugariensis, Pristiterebra
- bihamatus, Lyristes
- biloba, Latiproetus
- biloba, Prantlia
- bilunulata, Dosinia
- biplicata, Cylichna
- Birch
- Bird
- biremis, Yoldia
- bisecta, Conchocele
- bisecta var. nipponica, Thyasira
- bisecta, Thyasira
- bisenensis, Anadara
- bisenensis, Anadara (Tegillarca) granosa
- Bison属
- Bison hanaizumiensis
- bispinosa var. makinoi, Trapa
- bispinus, Acanthocircus
- bispinus, Spongosaturnalis
- bistrigata, Barbatia
- bistrigata, Mesocibota
- bistrigata, Nipponarca
- biternata, Clematis apiifolia
- Bittersweet clam
- Bittium属
- Bittium horinjiense
- Bittium s-satoi
- Bittium (Stylidium) horinjiense
- Bivalve
- Bivalvia網
- biwae, Nodularia douglasiae
- biwae, Unio douglasiae
- Biwamelania gamoensis
- Biwamelania multigranosa
- bocki, Fusulinella
- boeddinghausi, Hiatula
- Boehmeria tricuspis
- Bogbean
- Bohdi tree
- bohemicus, Heliolites
- Bolivina robusta
- Bolivina seminuda
- Bolivinita quadrilatera
- Bolma amabilis
- Bolma guttata
- bombycis, Morus
- Bonnet shell
- borealis, Astarte
- borealis, Balaenoptera
- borealis, Globigerina
- borealis, Hemitrapa
- borealis, Pinnularia
- Boreoscala yokozunai
- Boreotrophon属
- Boreotrophon candelabrum
- Boreotrophon kagana
- Boreotrophon xestra
- Borniopsis属
- Borniopsis tsurumaru
- Bositra属
- Boston ivy
- boucardi, Arca
- boucardi miyatensis, Arca
- Bovini族
- Bowdenatheca属
- Brachidontes modiolus
- Brachopod
- Brachopoda門
- brachybotrys, Wisteria
- Brachyphyllum属
- Brachyphyllum japonicum
- Brachystomia属
- Brachyura下目
- brachyurus subsp. angustidens, Lepus
- Braconidae科
- Braconid wasp
- bracteosus, Equisetites
- bracteosus, Equisetostachys
- bradyi, Discopulvinulina
- Bradyina属
- bradyi, Rosalina
- Brasenia purpurea
- Brasenia schreberi
- braunsi, Clinocardium
- braunsi, Dinocardium
- braunsi, Drillia
- braunsi, Eocylichna
- braunsi, Fuscocardium
- braunsi, Pleurotoma
- brebissonii var. diminuta, Pinnularia
- brebissonii, Gomphonema acuminatum
- Brechites yokoyamai
- bredanensis, Steno
- Brevimyurella japonica
- breviora, Haeckelicyrtium
- brevipinna, Carcharhinus
- brevis, Echinarchnius
- brevisiphonata, Ezocallista
- brevis, Scaphechinus
- brevistriata, Fragilaria
- brevitesta, Bucardiomya
- brevitesta, Pholadomya
- Bridalwreath spiraea
- Brisingella属
- Brisingidae科
- Brissopsis属
- Brissopsis makiyamai
- Brittle star
- Broad-tooth wihite shark
- bronni, Reishia
- bronni, Thais
- Brotiopsis wakinoensis
- broughtonii, Anadara
- broughtonii, Anadara (Scapharca)
- Brown algae
- Brown bear
- brueggemanni, Turbinaria
- Bruguiera属
- Bryophyta門
- Bryozoa門
- Bryozoan
- Bucardiomya brevitesta
- Buccella tanaii
- Buccinidae科
- buccinulum, Dentalium
- Buccinum属
- Buccinum glaciale
- Buccinum leucostoma
- Buccinum middendorfii
- Buccinum mogamiensis
- Buccinum ochotense
- Buccinum Schantaricum
- Buccinum Sinanoense
- buchiana, Cycadeoidea
- buchianum, Zamiophyllum
- buchianus, Zamites
- Buckbean
- Bufo属
- Bufo japonicus
- bulgarica, Neogondolella
- Bulimina属
- Bulimina aculeata
- Bulimina marginata
- bulloides, Globigerina
- burchardi, Mitrella
- burejensis, Coniopteris
- Burned nassa
- Burnet
- Bur-reed
- Burseolina pacifica
- busoensis, Cryptomya
- Butterfly ray
- Butternut
- buxifolium, Syzygium
- Buxus microphylla
- Buxus microphylla var. japonica